Blast2SRA database

2021.3.5

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences

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SRA数据库

Sequence Read Archive (SRA) 是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分。其作用是存储包括Illumina、454、IonTorrent、Complete Genomic、PacBio和OxfordNanpores在内的二代测序技术所产生的**原始**序列数据（GEO数据库是经过一定处理的数据）。

SRA数据库主要包含一下几个数据类型：

• EPR/SPR: studies(研究课题)
• SRS：Experiments(实验方案)
• SRX：Samples(样品信息)
• SRR：Runs(测序产生的reads)

在线访问SRA数据库

SRA数据库通常与GEO数据库相关联，可以通过GEO来访问SRA的相关信息。

点击即可以看到所有的分组信息

我们可以根据分组，记下我们需要的Run编号（SRR开头）或者Experiment编号（SRX开头）

在线BLAST2SRA

访问NCBI web BLAST页面 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

输入需要比对的基因序列，下面选择SRA数据库，再输入SRX编号，根据提示填充所需要的信息。

点BLAST即可获得比对结果。比对到的数量近似反映出测序测到的reads数目。