snpEFF 使用

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snpEFF 是许多 variant calling pipeline 中常用的 vcf 注释工具。

安装

$ conda install snpEFF

使用

# 将 Listeria monocytogenes 涉及的数据库下载
$ snpEFF databases | awk '/^Listeria_monocytogenes'/ {print $4}' | awk '!a[$1]++{print}' | xargs wget